Pourquoi les variants du Covid-19 sont si inquiétants

Les mutations sont un phénomène normal dans la vie d'un virus. Le Covid-19 en aurait d'ailleurs subi des milliers au cours de sa propagation à travers la planète, en grande majorité sans conséquence. Mais certaines suscitent toutefois l'inquiétude de la communauté scientifique, car elles donnent plus de chances au coronavirus de survivre.

B117, B1351, B11248… Sous ces appellations se cachent les variants britannique, sud-africain et japonais (ou plutôt brésilien), qui circulent aux quatre coins du monde, à une vitesse préoccupante. Le premier, initialement détecté au Royaume-Uni, est désormais présent dans plus de 50 pays, selon l'OMS. Le deuxième, présent quant à lui dans une vingtaine de pays, vient d'Afrique du Sud, où il représente aujourd'hui 90% des infections. Le troisième, « un variant inquiétant » selon l'organisation, a été découvert plus récemment au Japon, même s'il est originaire du Brésil.

Plus contagieux, plus dangereux

Ces trois nouveaux ennemis dans cette crise sanitaire ont en commun une mutation, appelée N501Y, sur la protéine spike, qui permet au virus de s’accrocher aux cellules humaines et d’infecter notre organisme. Ce qui les rendrait nettement plus transmissibles. Rien que pour la souche britannique, une équipe de la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM) a démontré qu'elle était environ de 50 à 74% plus contagieuse que la majorité des SARS-CoV-2 en circulation depuis le début de la pandémie.

Or, les scientifiques le savent très bien, un virus très contagieux est plus dangereux qu'un virus très létal. Fin décembre, l'épidémiologiste à la LSHTM Adam Kucharski a démontré sur son compte Twitter, calculs mathématiques à l'appui, qu'un variant « 50% plus transmissible serait un problème beaucoup plus important qu’un variant 50% plus mortel ».

Prenons d'abord le bilan du coronavirus « habituel ». En appliquant un taux de létalité de 0,8% et un taux de reproduction du virus de 1,1, celui-ci causerait, après trente jours de propagation libre, 129 morts sur 10.000 cas de Covid-19. En augmentant le taux de mortalité de 50%, le bilan passe à 193 morts, tandis qu'en augmentant sa contagiosité de 50%, ce chiffre grimpe à… 978.  

Just re-upping this graph as it is so striking and so important. B117 is (at least) 50% more transmissible. Doesn't sound as bad as 50% more lethal, does it? It's a lot, lot, lot worse. ???? pic.twitter.com/YbYedEgHZE

— Dr David Berger, B117 is a whole new pandemic (@YouAreLobbyLud) January 12, 2021

La vaccination menacée?

Une plus grande contagiosité pourrait également avoir un impact sur les campagnes de vaccination. « Si les mutations font augmenter la contagiosité de par exemple 50%, il ne faudra pas immuniser 70%, mais plutôt 80% des personnes », estime Niko Speybroeck, épidémiologiste à l'UCLouvain contacté par la RTBF. On comprend dès lors pourquoi certains pays accélèrent la cadence, tentant d'être plus rapides que le virus.

Est-on pour autant certains que les vaccins produits actuellement sont tout aussi efficaces contre ces variants? « En l'état actuel de nos connaissances, les experts pensent que les vaccins actuels seront efficaces contre ces souches », a tenté de rassurer Henry Walke, des Centres américains de prévention et de lutte contre les maladies (CDC), le 30 décembre dernier. Dix jours plus tard, BioNTech et Pfizer ont assuré que leur vaccin était efficace contre la mutation N501Y. « Mais l'étude sur laquelle ils s'appuient ne porte pas sur l'ensemble des mutations présentes sur ces variants », nuance AFP. « Elle ne suffit donc pas, pour l'heure, à conclure avec certitude que l'efficacité du vaccin sera la même que contre le virus classique. »

La mutation E484K, « le début des problèmes »

Une mutation commence à attirer plus particulièrement l'attention de la communauté scientifique et des médias. Intitulée E484K, elle est portée par les variants qui ont émergé en Afrique du Sud et, plus récemment, au Brésil et au Japon, mais pas par le variant britannique qui fait les gros titres. Or, cette mutation « est la plus inquiétante de toutes » sur le plan de la réponse immunitaire, estime Ravi Gupta, professeur de microbiologie à l'Université de Cambridge, interrogé par l'AFP.

Une salle temporaire accueillant des patients potentiellement infectés, devant l'hôpital Steve Biko à Pretoria. - AFP

Des tests en laboratoire ont montré qu'elle semblait capable de diminuer la reconnaissance du virus par les anticorps, et donc sa neutralisation. En d'autres termes, elle pourrait, en théorie, « aider le virus à contourner la protection immunitaire conférée par une infection antérieure ou par la vaccination », explique le Pr François Balloux, de l'University College de Londres dans un communiqué.

Si la mutation N501Y ne semble pas avoir d'impact sur l'efficacité des vaccins, la mutation E484K pourrait, elle, représenter « le début des problèmes », juge Ravi Gupta. « À ce stade, ils devraient tous rester efficaces, mais ce qui nous inquiète, c'est la perspective de futures mutations qui s'ajouteraient » à celles qu'on observe déjà, développe-t-il, en appelant à « vacciner le plus vite possible partout dans le monde ».

Plus rassurant, les laboratoires ont toutefois affirmé que, pour mieux faire face à d’éventuelles mutations de plus grande ampleur, une « mise à jour » du vaccin à ARN messager, comme ceux de Pfizer/BioNTech et Moderna - les deux seuls autorisés pour l'instant en Belgique -, serait assez facile à réaliser.