Afrique du Sud: la vague Omicron décroit, quels enseignements en tirer?

Ces derniers jours, l'Afrique du Sud a déjà vu décroître sa vague de Covid-19 due au variant Omicron, un mois après que ce dernier y ait été décrit pour la première fois. Le pic y a été atteint il y a une semaine et depuis, le nombre de cas de coronavirus décline, parfois fortement. C'est notamment le cas dans des provinces comme celle du Gauteng, la plus peuplée du pays, où se trouvent les villes de Johannesburg et de Pretoria et où Omicron est responsable de plus de 90% des infections. De 16.000 contaminations le 12 décembre, le Gauteng est passé ce mardi à 3.300. L’occasion de voir quels enseignements cette vague d’Omicron livre in vivo, à l’échelle d’un pays entier. Des indicateurs souvent assez encourageants comparé à la crainte suscitée fin novembre.

Une vague énorme mais rapide

A priori, il y avait des raisons d’avoir peur d’Omicron. La vague de contaminations que ce variant a créé a bel et bien été inédite par son ampleur. Jamais l’Afrique du Sud n’avait recensé autant de cas lors des pics précédents. L’inquiétude était d’autant plus forte que la croissance du nombre d’infections était, elle aussi, plus rapide qu’avec les variants précédents.

Aujourd’hui, chaque jour qui passe semble confirmer que cette explosion épidémique était plus un feu de paille qu’autre chose. «La déferlante de cas d’Omicron en Afrique du Sud semble s’épuiser aussi vite qu’elle avait enflé», se réjouit même le Washington Post. Encore plus réjouissant: du côté des hospitalisations, la situation était moins grave qu’avec le variant Delta, comme le confirme le virologue Emmanuel André. Omicron a amené des personnes à l’hôpital mais globalement, ces patients y restaient moins longtemps qu’avec le variant Delta.

La vague Omicron dans la Province du Gauteng en Afrique du Sud est dans sa phase descendante.

Par rapport à Delta: le nombre de cas a grimpé plus vite et une proportion moindre de personnes a été hospitalisée.

Le nombre de décès sera probablement également nettement moindre pic.twitter.com/kkrXsaxW9v

— Emmanuel André (@Emmanuel_microb) December 23, 2021

Peu de décès et des vaccins efficaces

La meilleure nouvelle pourrait bien venir d’un autre indicateur. La vague Omicron a beau être énorme en termes de contaminations, elle n’est pour l’heure qu’un nain dans les courbes de décès. On compte actuellement près d'une cinquantaine de décès quotidiens sur une moyenne de sept jours. Loin derrière les plus de 400 de juillet dernier et des 550 de janvier 2021. Reste à voir si ces chiffres restent bas dans les prochains jours puisque pour l’instant, ils continuent d’augmenter, malgré la baisse du nombre de cas.

Les statistiques de décès donnent d’ailleurs un signe encourageant quant à l’efficacité des vaccins, l’un des sujets les plus discutés ces dernières semaines. Il s'avère que sur 309 personnes décédées pendant cette nouvelle vague, 87% n'étaient pas vaccinées ou seulement partiellement. «Les vaccins fonctionnement aussi contre Omicron», se réjouit Emmanuel André sur Twitter. Précisons qu’en Afrique du Sud, l’administration de la troisième dose n’a pas encore commencé. Ces résultats sont donc ceux avec seulement deux doses et ils pourraient être encore meilleurs avec un rappel.

87% des 309 personnes décédées à ce jour des suites d’une infection à Omicron en Afrique du Sud étaient non-vaccinées. Aucune des personnes décédées n’avait reçu un booster.

Les vaccins fonctionnent aussi contre #Omicron https://t.co/mwhVTPP0R5

— Emmanuel André (@Emmanuel_microb) December 22, 2021

Gare aux conclusions hâtives!

L’exemple sud-africain est donc a priori de bonne augure pour la suite. Mais les experts préviennent: il est difficile de faire des comparaisons avec d’autres pays pour savoir ce qu’il s’y passerait, et ce pour plusieurs raisons. Tout d’abord, cette arrivée d’Omicron a lieu en été en Afrique du Sud. Cela aide sûrement à limiter l’impact de la maladie, vu que la population vit surtout à l’extérieur et propage moins le virus. Qu’en serait-il dans une région en pleine période hivernale? Impossible de le dire aujourd’hui.

Autre bémol: le contexte vaccinal est très différent de celui des pays occidentaux. Seuls 26% des Sud-Africains sont entièrement vaccinés. «C’est pratiquement toute la population âgée qui est vaccinée et les personnels de santé. Ils ont vacciné cette population vulnérable en priorité avec beaucoup de succès donc cela les a protégés pendant cette vague d’Omicron», déclare à Ouest-France l’épidémiologiste Antoine Flahaut. Le reste de la population ne pouvait compter que sur l’immunité naturelle. Il n’existe pas de données pour savoir si cette dernière est répandue mais il est probable qu’elle le soit vu que la vague précédente n’est pas si lointaine (elle remonte à juin-septembre). Il faudrait voir ce qu’il se passerait dans un pays où cette immunité naturelle serait réduite.

Enfin, la démographie sud-africaine est bien plus jeune que celle européenne. L’âge médian y est de 27,6 ans, contre 41,5 en Belgique. Puisque le Covid-19 est surtout dangereux pour les plus vieux, cela pourrait changer la donne lorsque Omicron sera dominant chez nous.

Omicron, un variant à double tranchant?

Une note positive quand même: les études se multiplient et tendent à dire la même chose. C’est encore le cas cette semaine avec une sud-africaine et deux britanniques. Si elles doivent encore être confirmées par des pairs et ne portent que sur de petites cohortes, elles montrent que la probabilité d’attraper une forme grave de la maladie baisserait de 70% avec Omicron comparé à Delta. Le risque d'hospitalisation baisserait de 50-70%.

Autant de chiffres positifs pour imaginer la suite, même s’il faut voir ce que donne Omicron dans un contexte européen. «C'est très important de regarder ce qui se passer à Londres la semaine prochaine (où ce variant est désormais dominant, ndlr). Cela va nous en apprendre beaucoup sur la sévérité» de la maladie provoquée par Omicron, explique à l‘AFP le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique français.

Si le scénario sud-africain se confirme sur le Vieux Continent, Omicron pourrait à la fois représenter une bonne et une mauvaise nouvelle. La mauvaise, c’est que sa forte contagiosité pourrait doper l’absentéisme et perturber le fonctionnement des écoles, des hôpitaux, des transports, etc., et ce encore plus qu’avec Delta. C'est ce que craint en tout cas le Conseil scientifique français. Le bon côté de la médaille, c’est qu’en causant des formes moins sévères du Covid-19, Omicron pourrait amener à un assouplissement des quarantaines. Le Royaume-Uni et l’Afrique du Sud viennent de le faire et il n‘est pas exclu que d’autres pays suivent.