Un sous-variant d'Omicron, confondu avec Delta, détecté en Belgique

Le variant Omicron, qui a fait exploser le nombre d’infections au Covid-19 depuis décembre, a vraisemblablement engendré une nouvelle souche déjà présente en Belgique. C’est ce que révèle ce mardi le biostatisticien de la KU Leuven Tom Wenseleers lors d’un entretien à Het Laatste Nieuws. Selon lui, ce sous-variant, dénommé BA.2 (la souche originelle d’Omicron étant appelé BA.1), serait passé tout un temps sous les radars chez nous. Mais en réalité, il est bel et bien là. Pour cause: il aurait été jusque-là confondu avec le variant Delta. La Belgique ne serait d’ailleurs pas le seul pays touché par ce nouveau venu.

Un variant Omicron, plusieurs lignages 

Selon Tom Wenseleers, BA.2 viendrait d’Inde où il circulerait tellement qu’il représentait une bonne majorité des cas. De là, il se serait répandu ailleurs, comme au Danemark où il pourrait déjà représenter 50% des contaminations, et au Royaume-Uni. Aujourd’hui, il s’avère que la Belgique ne lui a pas échappé mais que jusqu’ici, cela se passait de façon inaperçue.

Pour être exact, il ne s'agirait pas vraiment d'un nouveau variant mais d'un des lignages d'Omicron. Autrement dit, entre BA.1 et BA.2, les mutations sont globalement semblables, avec seulement quelques différences. «Il a une vingtaine de mutations par rapport à BA.1, ce qui est relativement nombreux» pour un lignage du genre, précise Tom Wenseleers au Nieuwsblad. BA.2 ne comporterait par exemple pas «la délétion 69-70 dans la protéine Spike» selon Santé publique France. BA.2 comme BA.1 pourraient ainsi être tous deux qualifiés de «variant Omicron». Il ne s’agit pas vraiment d’un «Omicron 2.0». Mais leurs nuances ont suffi à brouiller les données épidémiologiques en Belgique.

Une prévalence difficile à établir

Cette découverte pourrait résoudre une énigme qui intriguait les experts. Cela fait maintenant plusieurs semaines que le variant Delta fait preuve d’une étonnante persistance dans les chiffres belges. Il causerait encore 15% des infections (contre 85% pour la souche BA.1), alors qu’il était attendu qu’il disparaisse rapidement face à la grande contagiosité d’Omicron. Mais en réalité, il se pourrait que Delta soit encore moins présent que cela, puisque BA.2 était confondu avec lui.

Dans quelles proportions BA.2 est-il véritablement présent en Belgique? «Pour l'instant, il ne s'agit que d'un faible nombre de contaminations, c'est difficile de donner un chiffre», déclare Tom Wenseleers. Pour le savoir, il faudrait revoir les procédés de détection des variants pour faire apparaître sa véritable prévalence. Contrairement à BA.1, il est difficile de le détecter dans les tests PCR tels qu’analysés aujourd’hui.

BA.2: une bonne ou une mauvaise nouvelle?

Est-ce qu’il faut s’inquiéter de cette présence de BA.2 en Belgique? À l’heure actuelle, les virologues disposent de relativement peu d’informations à son propos. Il faudra notamment voir ce qu’enseigneront les études au Danemark, là où la présence de BA.2 est la mieux attestée en Europe. S’il arrive à se faire une place aux côtés de BA.1, c’est qu’il possède vraisemblablement un avantage, mais impossible de savoir lequel pour l’instant. Cela pourrait être une réinfection plus facile chez les personnes récemment malades à cause de BA.1, mais c'est loin d’être une certitude. Il ne remettrait pas forcément en cause la principale caractéristique d’Omicron: la baisse de sa virulence. Tout cela doit être toutefois confirmé par des études.

La bonne nouvelle, c'est que le variant Delta, connu pour être plus létal qu’Omicron, serait encore moins présent chez nous que ce que les chiffres épidémiologiques disent aujourd’hui. «La question est de savoir si Delta va complètement disparaître ou s'il va réapparaître à plus long terme», se demande Tom Wenseleers.